南京医科大学以培养具有优秀的岗位胜任能力和创新能力的复合型人才为目标，筑牢临床医学和预防医学两个“基础”，聚焦“疾病预防控制能力、突发公共卫生事件应急处置能力、科学思维与实践创新能力”三种能力，着力培养医防融合的高层次公共卫生人才。
构建公共卫生课程新体系。学校转变培养观念，打造基础医学、临床医学与预防医学系列课程群，创建以问题为导向、疾病防控为核心、环境—人群—健康为主线、多学科交叉融合的公共卫生课程新体系。将思政元素融入专业课教学，主编公共卫生课程思政案例集等，获评国家课程思政示范课和国家课程思政教学名师和教学团队。
创建公共卫生实践教学新模式。学校将实验、实践、实训与理论教学紧密结合，建成数字化实验教学中心、虚拟仿真实训中心、公共卫生实训中心等实践教学平台，构建了以岗位胜任能力为核心的实践教学体系。举办全国公共卫生实践技能大赛，创建公共卫生综合技能竞赛体系，2020年被纳入国家医学技术技能大赛赛道，推动全国公共卫生人才实践能力培养。
实施学生创新能力提升计划。学校依托生殖医学国家重点实验室，组建国重创新班，着力培养具备较高的综合素质、全面的医学科学理论和扎实的生命科学研究技能的创新型公共卫生专门人才。设立“公卫创新港”，搭建学生创新能力培养平台。
打造青年教师培优工程。学校对公共卫生青年教师分阶段列入“公共卫生教学新人”“公共卫生教学苗子”“公共卫生教学能手”“公共卫生优秀青年教师”等系列培养计划，采用三年一个台阶，序贯式培养，阶梯式提升，教学相长，着力打造一支优秀的青年教师队伍。
